شورای خلیفهگری ارامنه آذربایجان در پیامی جداگانه، شهادت آیتالله العظمی خامنهای را تسلیت گفت و ایشان را «قیامتی که مردم شهیدپرور ایران را داغدار کرد» و رهبریشان را «بدیل و فرزانگی یک مجاهد خستگیناپذیر» خواند. در ادامه متن کامل پیام این شورا آمده است.